矯正用マウスピースの段階でホームホワイトニングやサロンやクリニックでのホワイトニングはしてもいいですか？

大丈夫です。
ただし、歯の表面にレジンやボタンが付いていると、その部分は白くならないので、歯の表面に何もついてない患者様に限ります。