上顎のネジを取った後の穴に、食べカスが残ったまま穴は閉じないですか？

閉じません。
体の作用により、異物は排除されるので、食べ物が穴に入ったまま閉じることはありません。
もし腫れるようなことがあれば、一度ご連絡ください。